軍機處成立後，議政王大臣會議於乾隆五十六年廢止，而閣變成只是辦理例行事務的機構，一切機密大政均歸於軍機處辦理。軍機處總攬軍、政大權二端，真正成為執政的最高國家機關。軍機大臣無日不被召見，無日不承命辦事，出沒於宮廷之間。皇帝行動所到的地方，軍機大臣也無不隨從在側。但軍機處完全置於皇帝的直接掌握之下，等於皇帝的私人秘書處。軍機處在權力上是執政的最高國家機關。