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6月6日，中國駐日公使汪鳳藻根據中日《天津條約》第三條規定，向日本外交部通告出兵朝鮮事，其中有一句“為保護屬邦”。

翌日，6月7日，日本外交部通知中國公使：日本出兵朝鮮，“不承認朝鮮為清之屬國”。

日本駐中國代理公使小村壽太郎向李鴻章通知出兵，也在6月7日。小村年三十九歲，是所謂的少壯派。通知很簡單，只說是根據中日《天津條約》，日本派兵朝鮮。

清政府辦理外交事務的衙門叫“總理衙門”，全稱是“總理各國事務衙門”。

中國曾經是世界帝國，同它有各種關系的國家，它不認為是平等的“外國”，而是屬國。所以，它沒有與近代國家的外交部相當的機構，只是由禮部和理藩院適當地處理外國事務。英法聯軍攻進北京，各國在北京開設公使館，這才不得不設一個同外國外交官進行交涉的機構——總理衙門。此機構設於1861年，名曰“總理各國”，而不叫“總理外國”，夠頑固的了。

總理衙門由十來名侍郎以上的高官擔當總理衙門大臣，是合議制，原則上均有兼職。

設置這樣一個同外國對等的衙門，清政府感到十分懊惱，在處理實際事務時總是拖泥帶水。

這時的總理衙門由皇族慶親王擔任首席大臣。慶親王自從光緒十年（1884年）接替恭親王之後，任此職已有十年之久。其他大臣有吏部右侍郎廖壽恒、兵部尚書孫毓汶、戶部左侍郎張蔭桓、理藩院尚書崇禮、吏部左侍郎徐用儀、宗室的福錕等，後來出名的榮祿此時是步軍統領，他成為總理衙門大臣之一，是在這年的十二月。中、日兩國出兵朝鮮時，他還沒到衙門來。

總理衙門接到小村代理公使的照會後，向日方復照：“我國受朝鮮政府之請，為平定其內亂，依據保護屬邦之舊例，派兵前往。內亂平定後，立即撤兵。日本政府派兵之理由稱保護公使館、領事館及商民人等，估計不會需要過多軍隊。加之，朝鮮政府並未籲請日本出兵，故不宜往朝鮮內地輸送軍隊，以驚擾住民。萬一同我國軍隊遭遇時，恐因言語不通，發生事端。請轉告貴國政府。”

小村將照會轉呈本國政府後，日本政府答復：“我國政府根據中日《天津條約》之規定出兵朝鮮，沒有理由接受貴國之指示和要求。”並重申從未承認朝鮮為中國之屬邦。又說，日本軍隊服從紀律、進退有度，即使與清軍相遇，也絕不會發生事端。反倒提醒清政府令其軍隊勿尋釁鬧事。

照會往來已迸出火花。《蹇蹇錄》中寫道：

和平雖未破壞，幹戈雖未交鋒，僅在一篇簡牘中已顯示彼我所見不同，過早表現出甲爭乙抗之狀態。兩種帶電的雲即將正面接觸，刹那間可成電閃雷鳴之勢，其意甚明。

陸奧外相的方針是：在外交上常表現為被動狀態，一旦有事，軍事和各方面都要先發制人。

如前所述，往朝鮮的中心港仁川輸送軍隊，日本自宇品港出發大約需要四晝夜，而中國從山海關或大沽啟程只需兩晝夜。假若接到清政府的出兵通知後才出兵，就會被落下。於是，日本方面想出一個計策：借大鳥公使返回任所之機，多帶些步兵。

不過，伊藤首相反對這麽做。他認為：“這不是給對方以口實嗎？”

日本政府打算根據中日《天津條約》第三條，中國首先出兵，然後日本也出兵。這就是所謂外交上的被動立場。

“因東學黨之亂，仁川、漢城都亂得不可收拾，所以應帶些警備人員。”陸奧外相抱住他的計策不放，說道。

“可是，這也應該有個分寸。譬如，同是警備人員，叫它‘軍隊’，就不如叫‘巡查’穩妥些。方法上必須再研究一下。”伊藤說道。

對於公使返回任所時帶些武裝兵員，伊藤首相並不完全反對，條件不過是別給清政府以借口，他的計策是考慮把軍隊稱為“警察”。

乘軍艦前往，當然要有水兵。水兵一登陸，作為陸戰隊，就成為最好的兵力。在艦上比定員多編入一些水兵，就可以很自然地增加兵力。軍艦“八重山號”的艦種屬於“報知艦”，同海軍協商的結果，在定員外又增加了近百名水兵。

正同西鄉海相商議時，得知在外洋演習的數艘日本軍艦返回釜山附近。若命令這些軍艦回航仁川，就能進一步增加兵員。

三百到四百人，是大鳥公使可以帶領的兵數，顯得很正常。警視廳的二十名巡查，是公認的護衛。

大鳥公使搭乘“八重山號”起航的日期是6月5日。雖然在中、日兩國的出兵通知之前，但日本方面獲得了清政府派兵的大致情報；與之相反，清政府方面對日本的計劃卻一無所知。袁世凱完全被杉村代理公使和鄭永邦書記官等日本外交官操縱了。