七萬年前,原始人類在瀕臨滅絕的嚴峻情況下勉強幸存,七萬年後,擁有先進文明與高端科技的人類又再一次面臨滅絕危機 瘟疫雖然有了最終的解藥,伊麻裏組織卻依舊進逼著全世界,阿瑞斯更是引爆了遍布在南極洲周圍的水雷,融化的古代冰層形成一場大洪水,迅速侵襲世界各地。此時,凱特跟大 衛收到一組來自外層空間的加密信號,他們知道這段信號是阻止伊麻裏的關鍵,必須盡快解開密碼,於是,一行人穿過傳送門來到了亞特蘭蒂斯的烽火系統隨著亞特蘭蒂斯記憶拼圖的逐漸完成,人類世界起源的面紗即將揭開,過去與現在相互角力,最後的結局,人類將何去何從?